Angel Island ist die größte Insel in der Bucht von San Francisco. Das Naturschutzgebiet ist ein beliebtes Ausflugsziel der Einheimischen, so dass hier vor allem an den Wochenenden viel los ist. Die vielen Grünflächen laden zum Grillen und zum Picknick ein. Es wurden viele Wanderwege angelegt, so dass man sich auf der Insel auch sportlich betätigen kann. Der größte Teil der Insel ist bewaldet, sogar eine Herde Rotwild lebt hier. Auch Waschbären, Seelöwen und zahlreiche Vogelarten sind auf der kleinen Insel beheimatet. Im 19. Jahrhundert wurde die Insel für militärische Zwecke genutzt, es wurden auch Indianer gefangen gehalten. Später wurden chinesische Einwanderer auf der Insel in Quarantänestationen untergebracht, während des Zweiten Weltkrieges brachte man dann deutsche und italienische Kriegsgefangene auf das Eiland.

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Die höchste Erhebung auf der knapp drei Quadratkilometer großen Insel ist mit 240 Metern der Mount Livermore. Von seiner Spitze aus hat man eine atemberaubende Aussicht über die Bucht, San Francisco und die nähere Umgebung. Angel Island erreicht man mit der Fähre, die Fahrt geht dann vorbei an der Gefängnisinsel Alcatraz. Auf dieser Insel lag das berüchtigtste und sicherste Gefängnis der Welt, welches man heute noch besichtigen kann. Es galt als nahezu ausbruchssicher, und deshalb wurden hier zahlreiche Schwerverbrecher verwahrt, und sollten zu besseren Menschen umerzogen werden. Das Gefängnis wurde dann auch Kostengründen im Jahr 1963 geschlossen und dient seither nur noch als Touristenattraktion. Die Insel war Schauplatz zahlreicher Hollywood-Filme und Romane.

Treasure Island ist 2,3 Quadratkilometer groß und ist über einen Landenge mit der Yerba Buena Insel verbunden. Im Gegensatz zu Yerba Buena Island ist Treasure Island eine künstlich angelegte Insel. Zur Aufschüttung wurde hauptsächlich der Schutt, welcher während des schweren Erdbebens 1906 entstanden ist, verwendet. Rund 1.400 Menschen leben auf der Insel, die in den nächsten Jahren umgestaltet werden soll. Yerba Buena Island ist eine kleine, felsige Insel, auf welcher der Highway durch einen Tunnel verläuft. Die Insel befindet sich genau zwischen den beiden Teilstücken der Oakland Bay Bridge, und dient somit als natürlicher Stützpfeiler.